Knjižnica ima svoje prostore v pritličju sedeža UP ZRS na Garibaldijevi 1. Na sedežu Inštituta za dediščino Sredozemlja UP ZRS v Piranu je dislocirana enota knjižnice, del gradiva, namenjen podpori študijskega programa Aplikativna kineziologija, pa se nahaja v prostorih Srednje tehniške šole v Kopru.

Založba Annales ZRS Koper s svojo publicistično dejavnostjo nudi prostor za objavo raziskovalnih rezultatov raziskovalcem domačih in tujih raziskovalnih organizacij ter jim tako omogoča ustrezno odmevnost in indeksiranje v relevantnih mednarodnih bazah.